Qm Musterhandbuch

Jede Flugbahn kann unabhängig analysiert werden, indem die Ausgabedateien überprüft werden (siehe Kapitel 5). Am wichtigsten ist, dass das Aufrufen von data_extractor.x (7.10) in der datei output.dat einer Flugbahn eine Reihe von formatierten Dateien erstellt, die mit Hilfe von make_gnuscript.py (7.13) und GNUPLOT gezeichnet werden können. Die Kerngeometrien in output.xyz können anhand von geo.py (7.21) in Form von internen Koordinaten (Bindungslängen, Winkel, Ringübereinstimmungen usw.) analysiert werden. Die manuelle Analyse aller einzelnen Bahnen ist in der Regel eine gute Idee, um zu überprüfen, ob die Bahnen korrekt ausgeführt werden, und um allgemeine Reaktionswege zu finden. Die manuelle Analyse erlaubt es oft, einige Hypothesen zu formulieren, die dann mit den statistischen Analysewerkzeugen überprüft werden können. Sie können das Handbuch als pdf herunterladen oder die html-Version unten lesen. Die einzigen Ausnahmen sind die folgenden: COLUMBUS (Überlappungen und Dyson-Normen) und MOLCAS (nur Dyson-Normen). Diese Funktionen sind nur verfügbar, wenn wfoverlap.x mit der richtigen Unterstützung für diese Programme neu kompiliert wird. Alternativ können Sie wfoverlap.x mit Ihren bevorzugten Bibliotheken verknüpfen.

In diesen Fällen ist eine manuelle Installation erforderlich. Wenn Steigungen nicht benötigt werden, können Sie auch manuell einen MOLCAS RASSCF-Eingang in molcas.input vorbereiten, um MOLCAS RASSCF anstelle von COLUMBUS MCSCF zu verwenden (siehe molcas_rasscf Schlüsselwort). Im zweiten Vorbereitungsschritt muss für jede der gesampelten Anfangsgeometrien entschieden werden, welcher aufgeregte Zustand der anfangse sein soll. In einfachen Fällen kann der Benutzer den anfänglichen angeregten Zustand manuell mit excite.py auswählen (optional nach der Diabatisierung; siehe 7.5). Alternativ kann die Auswahl der Anfangszustände auf Basis der Anregungsenergien und Oszillatorstärken der angeregten Zustände bei jeder Anfangsgeometrie durchgeführt werden (dies simuliert ungefähr eine Delta-Puls-Erregung). Im Folgenden wird zunächst erläutert, wie eine einzelne Flugbahn ausgeführt wird, indem alle erforderlichen Eingaben für den Dynamikcode sharc.x manuell eingerichtet werden. Anschließend wird die Verwendung der Hilfsskripte erläutert. Detaillierte Informationen zu den SHARC-Eingabedateien finden Sie in Kapitel 4. Kapitel 5 dokumentiert die verschiedenen Ausgabedateien, die SHARC erzeugt. Die Schnittstellen sind in Kapitel 6 und die Hilfsskripte in Kapitel 7 beschrieben. Alle relevanten theoretischen Hintergründe sind in Kapitel 8 aufgeführt.

Für die manuelle Installation benötigen Sie einen funktionierenden Fortran90-kompatiblen Compiler (Intels ifort wird empfohlen), einige recht schnelle BLAS/LAPACK-Bibliotheken (Intels MKL wird empfohlen, obwohl der Atlas auch in Ordnung ist). Für SS-CASSCF muss nur die Multiplizität angegeben werden. Geben Sie für SA-CASSCF die Anzahl der Zustände pro Multiplizität an, die einbezogen werden sollen. Beachten Sie, dass MOLPRO erlaubt, über Zustände mit unterschiedlicher Anzahl von Elektronen zu durchschnittlich. Diese Funktion wird in molpro_input.py nicht unterstützt. Der Benutzer kann jedoch eine eng mitdem übereinstimmende Eingabe generieren und die fehlenden Zustände einfach manuell zum CASSCF-Block hinzufügen.

The comments are closed.

Leave a comment